4 мая была проведена онлайн лекция нобелевского лауреата и сооснователя Abberior Instruments Штефана Хелля "Микроскопия сверхвысокого разрешения: последние достижения". Лекция была посвященная последним достижениям в области микроскопии сверхвысокого разрешения, в частности STED и MINFLUX микроскопии.

Запатентован гидрогелевый биочип для выявления антител – иммуноглобулинов класса G к возбудителям различных тяжелых острых респираторных инфекций, включая SARS-CoV-2, с одновременным прогнозом тяжести протекания коронавирусной инфекции. Разработанный способ мультиплексного иммуноанализа на гидрогелевых биочипах позволяет в одном анализе сыворотки крови пациента проводить скрининг антител на различные коронавирусы настоящего и прошлого, включая SARS-CoV-2, вирусы гриппа А и B, вирусы – возбудители ОРВИ, что делает возможным оперативно принимать решение о назначении адекватной терапии больного. Более того, в этом же анализе можно выявлять маркеры неблагоприятного развития COVID – аутоантитела к интерферону-омега и интерферону α-2a, которые могут блокировать выработку интерферона I типа у пациентов с тяжелой (жизнеугрожающей) пневмонией, вызванной COVID-инфекцией.

Разработаны удобные молекулярные инструменты для внутриклеточного рН-имиджинга. Их особенности - проникновение в ядро клетки и быстрый отклик на малейшие изменения концентрации протонов. Отклик обеспечивают флуоресцентные метки, чувствительные к геометрии сенсора, а его основу составляет фрагмент ДНК, который меняет геометрию в зависимости от кислотности среды. Такие сенсоры предлагается использовать в диагностике, а также исследованиях патогенеза на клеточном уровне. Нарушение гомеостаза рН – признак, а иногда и триггер целого ряда заболеваний. Сотрудникам Центра высокоточного редактирования и генетических технологий для биомедицины ФГБУ ФНКЦ физико-химической медицины ФМБА России удалось с помощью новых сенсоров отследить дисбаланс рН в опухолевых клетках. Благодаря высокой скорости отклика, сенсоры также имеют перспективы применения в исследованиях регуляции протонных токов при активации нейронов.

18 января Правительство Москвы опубликовало список победителей ежегодного конкурса на соискание премии для молодых ученых столицы. Среди них сотрудник РНИМУ им. Н.И. Пирогова - заведующий лабораторией алгоритмов иммуносеквенирования НИИ трансляционной медицины Михаил Александрович Шугай, который получил премию в области «Медицинские науки» за работу “Биоинформатические методы анализа антигенной специфичности репертуаров Т-клеток человека и их приложение при пандемии COVID-19”. "Мы охарактеризовали репертуары Т-клеток у здоровых доноров, доноров, переболевших короновирусом, а также доноров в острой фазе короновирусной инфекции. Нами были определены последовательности специфичных Т-клеточных рецепторов и конкретных антигенов короновируса, что позволило детально изучить механизмы распознавания вируса иммунной системой. Полученные последовательности Т-клеточных рецепторов могут в дальнейшем быть использованы как биомаркеры для диагностики течения заболевания, оценки эффективности вакцинации, а также для определения доноров, не имеющих антител, но имеющих иммунитет к короновирусу",— рассказал Михаил Александрович.

В финале международного конкурса по генетической инженерии и синтетической биологии iGEM-2020 российская студенческая команда «Moscow», организованная на базе МГУ, получила золотую медаль. Один из руководителей команды - старший научный сотрудник Геномного центра ИМБ РАН Дмитрий Сергеевич Карпов. Конкурс iGEM ежегодно объединяет школьников и студентов со всего мира для разработки генно-инженерных проектов, ориентированных на решение актуальных проблем человечества. Проект команды «Moscow» посвящен актуальной проблеме детекции и дифференциации генотипов вируса гепатита С. Одна из сложностей детекции гепатита С заключается в существовании уникального рекомбинантного штамма RF2k/1b, зачастую ошибочно определяемого как генотип 1b, что приводит к выбору неверной стратегии лечения. Детекторная система представляет собой тест-полоску, с нанесенными на нее ферментами и иными компонентами, необходимыми для амплификации ДНК и генерации сигнала. Ключевым действующим компонентом системы является один из самых маленьких геномных редакторов – CasX. В системе используется свойство активированного CasX после гидролиза ДНК-мишени неспецифично расщеплять одноцепочечные олигонуклеотиды. В настоящее время детекторные системы на основе CRISPR/Cas систем считаются самыми точными, чувствительными, быстрыми и дешевыми по сравнению с детекторными системами на основе антител или ПЦР.

Понимание архитектуры иммунного ответа на SARS-CoV-2 имеет решающее значение для борьбы с пандемией COVID-19. НМИЦ гематологии при участии сотрудников Центра высокоточного редактирования и генетических технологий для биомедицины РНИМУ было проведено сравнительное исследование наличия антител к COVID 19 и Т-клеточного ответа на группе выздоравливающих пациентов с COVID-19 и здоровых доноров, на образцах взятых как до, так и во время пандемии. Было показано, что не у всех переболевших COVID-19 детектируются антитела к SARS-CoV-2. По всей видимости, у части выздоровевших пациентов иммунный ответ обеспечивается преимущественно за счет Т-клеточного звена иммунной системы. В рамках исследования Т-клеточного ответа на коронавирусную инфекцию, идентифицированы варианты Т-клеточных рецепторов, специфичные к антигенам COVID-19. Были описаны характерные мотивы в последовательностях Т-клеточных рецепторов COVID-19-реактивных клонов, что предполагает существование иммунодоминантных эпитопов.

Проведено исследование фенотипической чувствительности и генетических детерминант устойчивости возбудителя гонококковой инфекции к бета-лактамным антибиотикам (пенициллинам и цефалоспоринам) в современной российской популяции гонококка. Показано, что механизмы формирования устойчивости к разным классам бета-лактамов неидентичны. Обнаружена функциональная зависимость между генотипами гонококка и аллелями гена penA – ключевой детерминаты устойчивости к цефалоспоринам, что важно для мониторинга появления в России штаммов, устойчивых к цефтриаксону – основному препарату для лечения гонореи. В целом, российская популяция гонококка продолжает оставаться чувствительной к цефалоспоринам.

Длинные некодирующие РНК (днРНК) определяют устойчивость опухолей к химиотерапии, но механизмы их функционирования не изучены. Нам удалось продвинуться в понимании этих механизмов при изучении днРНК LINC00973, транскрипция которой приводит к переходу опухолевых клеток в состояние «старения». Выполнив нокаут гена LINC00973 с помощью системы CRISPR/Cas9 в линии клеток колоректального рака HT-29, мы обнаружили четырехкратное увеличение чувствительности к действию противоопухолевых препаратов. При этом оказалось, что LINC00973 подавляет деградацию белка р21, который замедляет клеточное деление и активирует восстановление поврежденных участков ДНК. Кроме того, LINC00973 влияет на ранние стадии апоптоза клеток, а также на активность систем репарации ДНК. Таким образом, LINC00973 может служить новой мишенью при разработке более эффективных противоопухолевых препаратов.

CRISPR-Cas9 системы – защитные системы прокариот, которые сегодня широко используются в геномной инженерии. Их работа основана на действии Cas9-нуклеаз - белков, в комплексе с направляющими CRISPR-РНК способными специфически узнавать молекулы ДНК за счет комплементарного спаривания и вносить в них двунитевые разрывы. Использование CRISPR-РНК различной последовательности позволяет вносить целевые разрывы в геном эукариотических клеток, позволяя осуществлять его редактирование. В этой статье мы охарактеризовали две Cas9 нуклеазы: DfCas9 из Defluviimonas sp.20V17 и PpCas9 из Pasteurella pneumotropica. Это две малоразмерные Cas9 нуклеазы, относящиеся к системам II-C типа. Оба белка оказались активны in vitro, но только PpCas9 способен разрезать ДНК в клетках человека и потенциально может использоваться для генетической инженерии. Для разрезания ДНК PpCas9 требует относительно короткий PAM 5’-NNNNRTT-3’, а малый размер нуклеазы позволяет упаковывать всю CRISPR-PpCas9 систему в одиночный AAV вектор.

В России получила официальное свидетельство система клинической обработки геномных данных «VarSiever», предназначенная для врачей-генетиков и позволяющая делать интерпретацию результатов секвенирования на основании клинической картины пациента. Программа обеспечивает проведение быстрой сортировки и фильтрации данных по выбранным параметрам: например, она может ограничить выдачу определенной панели генов с вариантами, имеющими частоту не более заданной. В «VarSiever» есть встроенный набор готовых генетических панелей, можно также создавать свои панели или использование сторонние источники посредством API. В программе предусмотрен интерфейс для создания заметок с привязкой к результатам и подготовка заключений.

Технологией геномного редактирования с помощью системы CRISPR/Cas9 получены мутантные штаммы пекарских дрожжей Saccharomyces cerevisiae с нарушенной функцией протеасомы – наномашины по разрушению внутриклеточных белков. Оказалось, что в мутантных штаммах повышена активность системы гомологичной рекомбинации за счет сверхэкспрессии гена RAD52 и это делает мутантные штаммы сверхустойчивыми к ДНК-повреждающим соединениям. Подавление экспрессии RAD52 с помощью редактирования генома, CRISPR/dCas9 репрессора или дигидрокумарина делает мутантные штаммы вновь чувствительными к ДНК-повреждающим агентам. Следует отметить, что дигидрокумарин, используемый в пищевой и косметической промышленности, рассматривается как перспективный препарат в комбинаторной терапии опухолей. Он повышает чувствительность опухолей к химиотерапевтическим препаратам (которые в основном являются ДНК-повреждающими соединениями), подавляя гомологичную рекомбинацию. Учитывая сходный механизм действия дигидрокумарина на дрожжи и на опухоли, полученные штаммы могут служить удобной моделью для исследования механизма действия и поиска перспективных противоопухолевых препаратов, нацеленных на подавление гомологичной рекомбинации.

Коллектив из ИБГ РАН, компании «Кномикс», Курчатовского института, ФИЦ Биотехнологии и Университета ИТМО проанализировал микробиом пива и сидра спонтанного и смешанного брожения. В выборку вошли большинство сортов данных классов от российских производителей. С помощью высокопроизводительного секвенирования 16S рРНК и ITS было выявлено существенное бактериально-дрожжевое разнообразие. Обработка данных с помощью интерактивной аналитической платформы позволила выявить микробные сигнатуры, ассоциированные с конкретными особенностями рецептуры, а также оценить связь микробиома с метаболомом напитков (на примере органических кислот). Анализ позволил отобрать наиболее перспективные образцы для отработки расширенных вариантов метагеномного анализа. Результаты исследования в будущем помогут повысить воспроизводимость органолептических качеств ферментированных напитков, усовершенствовать микробиологический контроль на производстве, а также выявить микроорганизмы для биотехнологических применений.

Российские исследователи из Центра высокоточного редактирования и генетических технологий для биомедицины, куда входят Институт молекулярной биологии им. В.А. Энгельгардта РАН, Институт биологии гена РАН, РНИМУ им. Пирогова Минздрава России и Федеральный научно-клинический центр физико-химической медицины ФМБА России, совместно с зарубежными коллегами приблизились к пониманию сложных процессов, определяющих развитие нервной системы у эмбриона. С помощью генетически кодируемого сенсора удалось выявить взаимосвязь метаболических и белковых факторов на ранних этапах формирования мозга у рыб. Учёные показали, как содержание метаболически активной молекулы, перекиси водорода, в определенные моменты времени в разных клетках и тканях мозга определяет направленное распространение морфогенетического фактора Engrailed 2, участвующего в ключевых процессах эмбрионального развития у многоклеточных животных.

Мембранный комплекс CydDC необходим для роста бактерий в условиях низкого содержания кислорода. На протяжении многих лет считалось, что CydDC транспортирует избыточный L-цистеин из цитоплазмы в периплазму, тем самым поддерживая окислительно-восстановительный гомеостаз бактерий. Используя хромосомную инженерию бактерий, мы показали, что основная функция CydDC не связана с транспортом L-цистеина, а заключается в поддержании восстановленного состояния цитоплазматического L-цистеина, что обеспечивает важную взаимосвязь между метаболизмом серы, окислительным стрессом и устойчивостью к антибиотикам. В частности, мы установили важнейшую роль цитоплазматического L-цистеина в токсичности аминогликозидов. Таким образом, понимание механизмов, контролирующих редокс баланс бактерий, может привести к более эффективным стратегиям противодействия устойчивости бактерий к антибиотикам.

Мониторинг репертуара Т-клеточных рецепторов (TCR) в состоянии здоровья и болезни может дать ключевую информацию об адаптивном иммунном ответе, однако, на сегодняшний день, точность методов исследования TCR (секвенирования) оставляет массу вопросов. Сотрудники Центра высокоточного редактирования и генетических технологий для биомедицины приняли участие в работе международного консорциума по системному сравнительному анализу девяти методов секвенирования альфа и бета цепей (структурных элементов) Т-клеточных рецепторов и обнаружили заметные различия в точности и воспроизводимости как в рамках одного метода, так и в сравнении методов друг с другом. В ходе исследования для каждого метода ученые просуммировали значения воспроизводимости, надежности и чувствительности, выявили преимущества и недостатки каждого подхода и на основе различных показателей составили рейтинг протестированных методов, определив наиболее подходящие для разных целей методы (как для выявления максимального разнообразия, так и для точного определения частоты редких клонов).

Анти-TNF терапия ревматоидного артрита совершила революцию в ревматологии. Однако не всегда помнят, что более половины пациентов на нее не отвечают и что у этой терапии есть побочные эффекты. Последнее обстоятельство связано с нарушением защитных физиологических функций TNF. С помощью технологий редактирования генома была создана панель мышей, которая позволила впервые определить, какие клетки продуцируют патогенный TNF в экспериментальном артрите (оказалось – миелоидные клетки), а какие – защитный (оказалось – Т лимфоциты). В первом случае TNF растворимый, во втором – мембранный. Современная системная терапия блокирует как «плохой», так и «хороший» TNF. Вероятно, это и объясняет ее ограниченную эффективность. Статья опубликована в одном из самых престижных журналов в области ревматологии – Annals of Rheumatic Diseases (IF=16).

Системы токсин-антитоксин широко распространены среди прокариот. Они состоят из двух генов, один из которых кодирует токсин белковой природы, а второй - антитоксин. В стрессовых условиях антитоксин разрушается, высвобождая активный токсин. Эти системы участвуют во множестве различных процессов от поддержания мобильных генетических элементов в популяции бактерий до защиты от фагов. Хотя тысячи различных пар токсин-антитоксин были предсказаны биоинформатически, лишь немногие из них были полностью охарактеризованы экспериментально. В этой работе был описан новый токсин AtaT2 из E.coli O157: H7. Было показано, что он специфически модифицирует заряженную глицил-тРНК, тем самым останавливая биосинтез белка.

CRISPR-Cas системы крайне разнообразны: эффекторные Cas белки могут иметь совершенно разную структуру и использовать разные механизмы разрезания ДНК. В этой статье был изучен паттерн разрезания ДНК недавно найденным семейством эффекторов Cas12e (или CasX), также как и Cas12a (Cpf1), разрезающих двунитевые молекулы ДНК за счет одного RuvC домена. Оказалось, что Cas12e белки вносят разрыв неточно, примерно 17-19 нуклеотидов от PAM, образуя короткие, 3-5 нт липкие концы. А длину таких липких 5’-концов можно увеличить, используя направляющие крРНК с короткой спейсерной последовательностью.

Российские ученые систематизировали данные и провели каталогизацию всего многообразия генетически кодируемых флуоресцентных сенсоров, которые позволяют следить за изменением содержания кислорода в нервных клетках, за работой защитных систем, противостоящих активным формам кислорода, и за обменом веществ в условиях гипоксии мозга. Мозг очень чувствителен к недостатку кислорода. Изучение негативных процессов, которые происходят в нервных клетках при дефиците кислорода, и поиск новых подходов для предотвращения гибели нейронов при гипоксии являются одними из ключевых задач современной нейробиологии. В руках ученых сравнительно недавно появились новые инструменты, которые позволяют изучать такие молекулярные явления в живых клетках. Это генетически кодируемые флуоресцентные сенсоры.

BREX (BacteRiophage EXclusion) – семейство широко распространенных систем защиты от фагов с неустановленным механизмом действия. Подобно классическим системам-рестрикции-модификации, белки BREX метилируют специфические сайты в бактериальном геноме, в то время как отсутствие модификации в геноме бактериофга делает его чувствительным к BREX защите. В данной работе впервые было показано, что фаги могут кодировать белки-ингибиторы, позволяющие им избегнуть имунного ответа BREX системы. В частности, ДНК мимикрирующий белок Ocr бакетриофага T7 способен повлиять как на защиту так и на модификационную активность систмеы BREX из Escherichia coli. Была установлена “мишень” белка Ocr - метилтрансфераза BrxX. Что интересно, белок Ocr также является ингибитором систем рестрикции-модификации I типа и его активность против BREX предполагает наличие схожих свойств у активных комплексов этих систем.

Разработанная РНИМУ им. Н.И Пирогова электронная система «O’Gelis Storage» позволит организовать и автоматизировать пробоподготовку, обеспечит прослеживаемость образцов на всех стадиях от принятия биоматериала до выдачи результата исследования. Она также автоматизирует процессы регистрации образцов, фиксирования данных по каждой стадии, позволит производить автоматические расчёты преаналитических данных для минимизации возникновения ошибок, сбор статистики по потоку образцов, учёт расхода реагентов и его прогнозирование. Кроме того, она обеспечит разграничение прав доступа к данным и функционалу, а также предоставит интерфейс для удалённого менеджмента процессов.

Сотрудники центра показали,  что  на транскрипцию в раковых клетках могут влиять фрагменты ДНК необычной геометрии – четверные спирали. Для поддержания нормального синтеза РНК полимераза должна легко преодолевать ‘барьер’ из белков, на которые намотана геномная ДНК (гистонов). В этом помогают белки-переносчики  (шапероны гистонов). В раковых клетках общий уровень транскрипции высок, и шапероны гистонов особенно значимы, что делает их удобными терапевтическими мишенями.  Коллективу ФНКЦ ФХМ удалось получить четверные ДНК-спирали, способные узнавать и удерживать шапероны гистонов. В их числе оказалась уже известная молекула, показавшая ранее противоопухолевую активность. В дальнейшем на основе четверных спиралей ДНК могут быть получены новые химиотерапевтические препараты, но прежде требуется решить проблему их внутриклеточной доставки [Pavlova et al., Int. J. Biol. Macromol 2020].

Никель является наиболее частой причиной Т-клеточного аллергического контактного дерматита. Сотрудники Центра высокоточного редактирования и генетических технологий для биомедицины приняли участие в работе команды ученых, нацеленной на исследование никель-специфичных Т-клеточных рецепторов (TCR). Для этой работы был задействован новый метод точного и количественного выявления активируемых CD4+ Т-лимфоцитов, а также современный метод анализа разнообразия Т-клеточных рецепторов. Оказалось, что среди никель-специфичных Т-клеточных рецепторов особенно часто встречаются варианты, экспрессирующие определенный генный сегмент - TRAV9-2 - либо гистидин в антиген-распознающей области. Предложенный подход может быть распространен и на другие контактные аллергены, и может быть задействован для разработки диагностических тестов. В целом, эта работа открывает потенциал использования новых методов диагностики, а в будущем и терапии аллергического контактного дерматита.

Сотрудники Центра высокоточного редактирования и генетических технологий для биомедицины ФГБУ ФНКЦ ФХМ ФМБА России совместно с коллегами из других российских институтов разработали методику, позволяющую одновременно определять распределение белков и метаболитов в ткани глиомы с пространственным разрешением 800 нм, что позволяет различать отдельные участки опухоли, а также визуализировать границу опухоли с нормальными тканями. Глиобластома представляет собой один из наиболее агрессивных видов рака человека со средней выживаемостью менее двух лет. Отличительной патологической особенностью глиобластом является их высокая степень меж- и внутриопухолевой неоднородности. Межопухолевая гетерогенность глиобластом широко исследовалась на геномном, метиломном, транскриптомном, протеомном и метаболомном уровнях. Однако из-за отсутствия методов, позволяющих анализировать образцы глиобластом с высоким пространственным разрешением, лишь несколько исследований описывают внутриопухолевую гетерогенность. В данном исследовании была применена TOF-SIMS (времяпролетная масс-спектрометрия вторичных ионов) для анализа отдельных клеток и клинических образцов: парафиновых срезов опухолей, полученных от 57 пациентов. Была разработана методика, позволяющая одновременно определять распределение белков и метаболитов в ткани глиомы с пространственным разрешением 800 нм. По данным TOF-SIMS образцы глиомы можно разделить на клинически значимые группы и отличить от нормальной ткани мозга. Кроме того, с помощью TOF-SIMS были выявлены различия между морфологически разными участками глиобластом в пределах одной и той же опухоли. С помощью окрашивания срезов глиобластом антителами против Caveolin-1, конъюгированными с золотом, была визуализирована граница между некротической и пролиферирующей зонами опухоли, кроме того, образцы глиом разделялись на группы, характеризующиеся разной выживаемостью пациентов. Наконец, было продемонстрировано, что в глиобластомах присутствуют клетки, которые характеризуются высоким уровнем белка Caveolin-1 и холестерина. Эта популяция может частично представлять собой стволовые клетки глиомы. В совокупности эти результаты показывают, что предложенный метод позволяет анализировать ткани глиомы с пространственным разрешением, недоступным для большинства других омиксных подходов, и полученные данные могут быть использованы для прогнозирования клинического поведения опухоли.

Как известно, ионы кальция опосредуют передачу разнообразных сигналов внутри клетки и участвуют в регулировании множества процессов от клеточного движения и транскрипции генов до секреции важных биомолекул и передачи нервных импульсов. Регистрация изменений внутриклеточного кальция используется для исследования функциональной активности разнообразных клеток. Российские ученые создали новый сверхъяркий генетически кодируемый флуоресцентный сенсор NCaMP7 для детектирования динамических изменений кальция в живых клетках. Он ярче наиболее часто используемого для этих целей флуоресцентного сенсора GCaMP6s примерно в 1.7 раза. Оптические характеристики нового сенсора позволяют использовать его для регистрации активности нервных клеток в мозге грызунов в условиях свободного поведения.

Огромное разнообразие Т-клеточных рецепторов (TCR) позволяет иммунной системе подобрать антиген-распознающие варианты для защиты от новой инфекции. Сотрудники Центра высокоточного редактирования и генетических технологий для биомедицины применили методы анализа транскриптомов единичных Т-лимфоцитов, а также современные методы анализа репертуара Т-клеточных рецепторов, для того чтобы отследить динамику пролиферации (деления клеток) и сокращения численности вирус-специфичных Т-лимфоцитов при первичной и повторной вирусной инфекции. Работа велась на добровольцах, получавших живую вакцину желтой лихорадки - модели, имитирующей острую вирусную инфекцию у людей. Было показано, что вторичный ответ на порядок слабее, но при этом примерно на 10 дней быстрее первичного. Кроме того, были найдены характерные группы вариантов Т-клеточных рецепторов, специфичные к антигенам желтой лихорадки.

Системы CRISPR-Cas обеспечивают защиту прокариот от бактериофагов посредством встраивания коротких фаговых последовательностей – спейсеров – в CRISPR-кассету в геноме клетки. Это позволяет клеткам оперативно распознать вирус при повторных заражениях. Для детектирования новых спейсеров используют ПЦР с праймерами к участкам, фланкирующим сайт встраивания спейсера. Появление удлинённого продукта ПЦР свидетельствует о появлении нового спейсера. Поскольку формирование иммунитета происходит с низкой эффективностью, в ПЦР всегда присутствует короткий продукт, соответствующий исходной CRISPR-кассете. Стандартная ПЦР не позволяет детектировать спейсеры, интегрированные менее чем в 5% CRISPR-кассет. В статье предложена супПЦР (супрессорная ПЦР) с чувствительностью, превосходящей чувствительность стандартного метода в 10 раз.

Бедаквилин – единственный противотуберкулезный препарат, разработанный и внедренный в клиническую практику за последние 25 лет. Сегодня бедаквилин является последней линией терапии туберкулеза, поэтому чрезвычайно важно установить механизмы развития устойчивости микобактерии к данному препарату. С использованием образцов возбудителя туберкулеза от пациентов, получавших терапию бедаквилином, и больных контрольной группы, установлены генетические детерминанты устойчивости к бедаквилину. Показано, что мутации в гене mmpR микобактерии формируют устойчивость низкого уровня к данному препарату, что свидетельствует о возможности назначения пациентам терапии повышенными дозами бедаквилина. В то же время, мутации в гене atpE, кодирующем С-субъединицу АТФ-синтазы, ассоциированы с высоким уровнем устойчивости к бедаквилину, и лечение туберкулеза будет неэффективным. Результаты исследования формируют новые критерии схем терапии лекарственно-устойчивого туберкулеза в России и в мире.

Российскими учеными проведено масштабное исследование молекулярной эволюции возбудителя гонореи в России. Проанализировано 804 изолятов Neisseria gonorrhoeae , собранных в 17 регионах Российской Федерации (7 из 8 федеральных округов) в 2013 – 2018 г. Выявлены наиболее распространенные в РФ варианты, обнаружены генетические маркеры, ассоциированные с устойчивостью возбудителя к актуальным антибиотикам. Обнаружено только 3 изолята (0,4%) пандемически значимого типа 1407, характеризующегося множественными детерминантами резистентности к антимикробным препаратам и доминирующего во многих странах ЕС, США, Японии, Австралии. Филогенетический анализ изолятов показал генетическую отдалённость наиболее распространенных российских и европейских сиквенс-типов, что указывает на локальный характер формирования и эволюции российской популяции возбудителя гонококковой инфекции. Полученные данные свидетельствуют о благоприятной эпидемиологической обстановке с заболеваемостью и распространенностью гонореи в России.

CRISPR-Cas системы – это защитные системы прокариот, которые сегодня широко применяются в биотехнологии для изменения генома различных организмов от человека до растений. Их работа основана на Cas белках, которые в комплексе с направляющими РНК могут быть направлены на любой сайт генома для его модификации. В этой работе была охарактеризована CRISPR-Cas система из промышленно-значимой бактерии, Clostridium cellulolyticum, организма, способного разлагать лигноцеллюлозу (компост, сено и т.п.) в биотопливо. Оказалось, что система является активной, а эффекторный белок, малоразмерный CcCas9, эффективно режет ДНК, фланкированную короткой PAM последовательностью NNNNGNA. Теперь CRISPR-CcCas9 может найти применение в биотехнологии: например, для модификации генома своего полезного хозяина, бактерии Clostridium cellulolyticum.

Российские исследователи из Центра высокоточного редактирования и генетических технологий для биомедицины, в который входят Институт молекулярной биологии им. В.А.Энгельгардта РАН, Институт биологии гена РАН, РНИМУ им.Пирогова Минздрава России и Федеральный научно-клинический центр физико-химической медицины ФМБА России, предложили концепцию лечения немелкоклеточного рака легкого за счёт активации онкосупрессорной активности CTDSP-фосфатаз. Фосфатазы CТDSP1, CTDSP2 и CTDSPL участвуют во многих жизненно важных клеточных процессах и в последнее время привлекают особое внимание, поскольку их роль при НМРЛ по-прежнему недостаточно ясна. Идентификация онкосупрессоров со схожими свойствами и функциями, участвующих в механизмах защиты клеток легкого от злокачественной трансформации, является перспективным направлением онкогеномики и важна в разработке новых терапевтических стратегий при немелкоклеточном раке легкого.